L'arganier daterait de l'ère tertiaire, époque où existait vraisemblablement une connexion entre la côte marocaine et les îles Canaries. Il se serait alors répandu sur une grande partie du Maroc puis, au quaternaire, l'arganier aurait été refoulé au Sud-Ouest par l'invasion glaciaire, ce qui expliquerait l'existence actuelle de quelques colonies vers Rabat (région de Khémisset) et très au Nord près de la côte méditerranéenne dans les Beni Snassen.
Aujourd'hui la plus grande concentration d'arganiers se trouve dans la région du Souss où elle couvre près de 800 000 hectares. Depuis 1998, une zone de 830 000 hectares entre Agadir et Essaouira a le statut de Réserve de la Biosphère octroyé par l'UNESCO.
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